Galbadia, terra di soldati, assetata di potere, da più di 20 anni combatte contro il mondo intero per diventarne la padrona, ma associato al nome di Galbadia c'è quello della Strega, figura malefica che uccide gli uomini, arde i campi, disintegra i sogni...
Dalla fine della prima guerra della Strega, avvenuta 17 anni prima, si decise di creare dei gruppi di soldati scelti, i SeeD, che, oltre a compiere le missioni più disparate, hanno il compito finale ma anche segreto di distruggere la Strega e cercare di porre fine alla guerra di Galbadia. I SeeD si trovano nei "Garden", specie di accademie, e al mondo ne esistono tre: il principale è quello di Balamb, segue quello di Galbadia e infine quello di Trabia.
Il protagonista della storia è Squall Leonhart, SeeD del Garden di Balamb. Ragazzo chiuso e introverso, non gli piace mostrare troppo di sé agli altri, ma in compenso è tra i primi della scuola, sia nello studio, sia nel combattimento. La sua arma è il "gunblade", un incrocio fra una spada e un revolver. Il suo acerrimo rivale è Seifer, ragazzo superbo e sicuro di sé, che cerca di intimorire i suoi stessi superiori. I SeeD nel combattimento utilizzano armi, magie e oggetti, e si servono inoltre dell'aiuto di misteriose entità, i Guardian Force (GF).
Durante l'esame per diventare SeeD, Squall fa delle nuove conoscenze: Selphie, una ragazza estremamente allegra e divertente che anche nelle battaglie più ardue dà un enorme sostegno, e Zell, un ragazzo molto impulsivo, che parla prima di pensare, ma è un amico fidato e un forte combattente. Alla festa per gli alunni diventati SeeD, Squall incontra una ragazza misteriosa di nome Rinoa. Questa ragazza appartiene a un gruppo di resistenza di una città chiamata Timber. Per portare a termine una missione di rapimento Rinoa chiede l'ausilio di 3 SeeD; Squall, Selphie e Zell vengono ingaggiati, ma durante la missione accade un imprevisto...
