Nella città di Alexandria fervono i preparativi per il 16º compleanno della principessa Garnet, figlia della regina Branhe. Per l’occasione è stata scritturata una compagnia di attori, affinché celebri la ricorrenza con un’opera teatrale;in realtà, si tratta di un gruppo di banditi, tra i quali anche il protagonista, Gidan (un ragazzo con la coda da scimmia, completamente ignaro del proprio passato), che mira a rapire la stessa principessa. Sin dall’inizio, però, il rapimento non va come previsto: Gidan scopre che in realtà Garnet desidera essere rapita, in quanto vuole scoprire la causa di alcuni strani comportamenti della madre; e anche la fuga da Alexandria si rivela difficoltosa, tanto che l’aeronave dei banditi, sulla quale sono stati fortuitamente imbarcati anche Vivi, un timido mago nero, e il capitano delle guardie addetto alla sicurezza della principessa, Adalberto Steiner, precipita poco oltre i confini della città. Incolumi, Gidan, Vivi, Steiner e Garnet si trovano a dover fronteggiare i servitori inviati da Branhe per recuperare la figlia ribelle (anche con metodi poco ortodossi…); durante tali combattimenti, Vivi scoprirà di essere una creatura artificiale, di quelle prodotte in serie dalla regina a scopo bellico, con l’utilizzo di una tecnologia finora sconosciuta, e l’impiego di “scarti di anime”. Giunti alla città di Lindblum, il gruppo incontrerà il saggio granduca Cid, che rivela di aver commissionato lui stesso il rapimento di Garnet, per proteggerla dalla madre: la regina ha infatti dichiarato guerra a tutte le città del continente (chiamato Continente della Nebbia), supportata da un misterioso individuo il cui nome è Kuja. Sempre a Lindblum Gidan riabbraccerà una vecchia amica, Freija, originaria di Burmecia, città devastata dalla guerra in corso. Garnet, convinta di poter sottrarre la madre all’influsso negativo del misterioso Kuja, si allontana dal gruppo con uno stratagemma, e seguita dal fido Steiner si dirige ad Alexandria. Gidan, Vivi e Freija, per quanto delusi dalla fuga della principessa, decidono di proseguire per Burmecia, nel tentativo di aiutare i superstiti; proprio in questa città si imbatteranno in Branhe e Kuja, che stanno programmando di attaccare il vicino albero di Cleyra, ultima roccaforte dove i compatrioti di Frejia si sono rifugiati. Per quanto i tre giungano in tempo per avvertire gli abitanti di Cleyra del pericolo, non potranno fare nulla per impedire la distruzione totale dell’albero, dal momento che Branhe si servirà di un spirito dell’invocazione, Odino; salvatisi per miracolo, Gidan, Vivi e Frejia riescono a salire sull’aeronave di Branhe, diretta ad Alexandria. Scopriranno così che gli spiriti dell’invocazione di cui Branhe si è servita appartengono in realtà a Garnet, che la regina ha in realtà adottato quando, ancora in fasce, giunse sulle coste di Alexandria, sopravvissuta a un terribile naufragio. Su consiglio di Kuja, la regina vuole privare Garnet del suo potere, in quanto il rito può essere eseguito solo se la ragazza ha compiuto 16 anni; Gidan e i suoi amici giungono in tempo per salvarle la vita, ma non abbastanza per impedire che il rito venga portato a termine. Garnet si ritroverà così senza più alcun potere, e solo con un lungo cammino potrà recuperare ciò che le è stato sottratto. Fuggiti da Alexandria, i nostri scoprono dal granduca Cid che Branhe, insuperbita dalla forza appena acquisita, ha attaccato tutte le città rimanenti del Continente della Nebbia, e ha persino rotto con Kuja per volere il potere e i possedimenti per sè, che si è rifugiato in un altro continente (il Contiente Esterno). Gidan e gli altri si recano così nel Contiente Esterno, dove scoprono l’esistenza di un villaggio di soli Sciamani – persone dotate del potere dell’invocazione, riconoscibili grazie a un “corno” che si trova sulla loro fronte-, Madain Sari, abitato da Eiko, l’unica superstite a un “tifone” avvenuto molti anni addietro. Garnet scopre così di essere in realtà una Sciamana, privata del suo “corno” (che altro non è che il ciondolo che porta sempre al collo) da Branhe stessa, e sopravvissuta alla distruzione di Madain Sari grazie al sacrificio della sua vera madre. Poco distante dal villaggio, di fronte al misterioso albero di Iifa, avverrà lo scontro decisivo tra Branhe e Kuja: la regina attacca l’ex alleato con lo spirito dell’invocazione Bahamut, che inspiegabilmente perde il controllo e si rivolta contro la sua stessa invocatrice, distruggendola insieme alla sua flotta. La principessa Garnet farà ritorno ad Alexandria per prendere il posto di Branhe come regina, ma nella stessa notte Kuja si presenterà alle porte della città per attaccarla con Bahamut, che è riuscito a “sottrarre” a Branhe con l’utilizzo della sua misteriosa tecnologia. Anche Alexandria viene rasa al suolo, nonostante la comparsa, tramite evocazione congiunta di Eiko e Garnet, dello spirito ancestrale Alexander, che riuscirà – per quanto a fatica- a sfuggire alla “cattura” da parte di Kujia. L’uomo si ritirerà nuovamente nel Continente Esterno, dove Gidan e i suoi amici lo raggiungono cadendo malamente in una trappola: Kuja infatti, come già si era intuito, ha intenzione di accaparrarsi quanti più spiriti dell’invocazione possibile, e stavolta mira ad Eiko, tentando di applicare su di lei lo stesso rito già usato con Garnet, che rischia la morte di Eiko in quanto non ha compiuto ancora 16 anni, grazie all'aiuto di Son e Zon, ex-servitori della regina Brahne. Stavolta però la cerimonia non andrà a buon fine, anche grazie allo spirito protettore di Eiko, Madein; inoltre, i nostri avranno modo di scoprire che Kuja in realtà non è originario del pianeta su cui tutti loro vivono (Gaia), bensì di un pianeta ad esso gemello, Tera, raggiungibile tramite una sorta di tornado. Giunti su Tera, Gidan scopre che il pianeta è abitato da creature in tutto e per tutto simili a lui, a patire dalla coda: essi sono i Jenoma, “contenitori” privi di un’anima, creati dal misterioso Garland. Costui rivelerà di aver creato i Jenoma allo scopo di “riempirli” con le anime provenienti da Gaia, in modo che Tera torni all’antico splendore, a spese del pianeta gemello che invece si trasformerà in un deserto. Per garantire questo flusso di anime, Garland ha creato su Gaia l’albero di Iifa, che in realtà altro non è che una gigantesca macchina; inoltre, egli è creatore anche di Kuja e Gidan, utilizzati come emissari da inviare su Gaia allo scopo di far sì che quante più anime possibile giungano su Tera. Tuttavia, Kuja si è ribellato al proprio creatore, e intende distruggerlo con il potere degli spiriti dell’invocazione; e Gidan si rifiuta di divenirne il successore, ponendosi a difesa di Gaia, il pianeta su cui è cresciuto. Kuja riesce ad avere la meglio su Garland, scoprendo però di essere indissolubilmente legato al vecchio: con la sua morte, la vita di Kuja è destinata a finire entro breve. Sconvolto dalla paura di dover morire, Kuja entra in uno stato di Trance e distrugge Tera, da cui però il gruppo di Gidan riesce a scappare portando in salvo anche i Jenoma. Comincia così un serrato inseguimento, in modo da impedire a Kuja di arrivare fin nel Mondo di Cristallo, là dove sta il Cristallo la cui distruzione causerebbe la fine di ogni cosa. I nostri riescono a sconfiggere Kuja prima che accada l’irreparabile, ma l’uomo, con le ultime forze, scaglia un potentissimo attacco che trasporta Gidan e tutti gli altri in un mondo senza tempo, dove li attende il boss finale: Trivia, l’incarnazione del nulla e della morte. Tornati su Gaia, Gidan sente la voce di Kuja che, ancora vivo, è rimasto intrappolato tra le radici dell’albero di Iifa,completamente fuori controllo a seguito della distruzione di Tera, e decide generosamente di andare in suo soccorso. Dopo la scomparsa di Gidan, trascorrono anni in cui la pace torna su Gaia, e la regina Garnet regna saggiamente sul proprio popolo, per quanto soffra profondamente per la perdita del ragazzo che ha amato. Tuttavia, durante una replica della recita che aveva dato inizio alla storia, in onore della nuova regina, un attore tra gli altri svela il volto coperto: è Gidan, il quale, abbracciando l’amata Garnet, le rivela di aver sì trovato Kuja tra le radici dell’albero di Iifa; ma mentre l’uomo ha deciso per la morte, soffocato dai rimorsi per le proprie azioni malvagie, Gidan ha “scelto di vivere, per tornare a casa, un giorno”.
