Nella florida metropoli di Zanarkand un giovane campione di blitzball, di nome Tidus, entra in contatto con Sin, un'entità malvagia, e si ritrova mille anni nel futuro nell'apparentemente quieto mondo di Spira. Qui, dopo lo spaesamento iniziale, fa la conoscenza di nuovi amici: Wakka, capo di una fallita squadra di blitzball (lo sport nazionale), Lulu, zelante maga nera, Kimahri, membro della razza Ronso e ripudiato dai propri simili, Rikku, di razza Albhed e cugina di Yuna, e Auron sua vecchia conoscenza in quanto amico del padre, scomparso molti anni prima. Si tratta di cinque guardiani, guardiani dell'invocatrice del posto. Spira è infatti condannata alla sofferenza eterna da un'entità malvagia, denominata Sin, che compare periodicamente per seminare morte e distruzione; solo l'invocazione suprema può placare la sua ira ed è richiamabile dagli invocatori al termine di un lungo e faticoso pellegrinaggio durante il quale vengono supportati e aiutati dai guardiani e dalle invocazioni minori. L'invocazione suprema prevede il sacrificio dell'invocatore che la esegue. La sconfitta di Sin dà inizio ad un periodo di calma e felicità denominato "Bonacciale" che dura poco meno di 1 anno, durante il quale non comparirà.
Yuna come invocatrice di Besaid, la località in cui si ritrova Tidus, ha appunto il compito di portare a termine il pellegrinaggio e liberare Spira dal male.
Secondo la religione Yevonita (unica religione di Spira), Sin è la punizione che il Dio Yu Yevon ha inflitto all'umanità per aver usato impropriamente le macchine: creando apparecchiature in grado di svolgere il lavoro degli umani dando loro il tempo per oziare, ma soprattutto quelle di carattere prettamente militare,con le quali in passato avevano quasi distrutto Spira, causando, secondo Yevon, la comparsa di Sin. La razza Albhed è l'unica ad usare ufficialmente macchine belliche su Spira, ed è infatti malvista da tutte le altre popolazioni.
Tidus si unirà quindi al gruppo composto da invocatrice e guardiani col duplice compito di aiutare Spira a liberarsi da Sin e di scoprire un modo per tornare al proprio tempo.
Il viaggio fa nascere l'amore fra Tidus e Yuna, ma entrambi sanno che è un amore destinato a finire col sacrificio di Yuna. Tidus non si dà per vinto e cerca in tutti i modi di sconfiggere Sin senza l'aiuto dell'Invocazione Suprema. Alla fine si scoprirà che il credo Yevonita è solo una bugia, Yu Yevon infatti, un invocatore impareggiabile del passato e ormai soltanto un mostro che, adesso, ha il solo scopo di continuare ad invocare e lo fa proteggendosi con una corazza, quella corazza non è altri che Sin, quando Sin viene distrutto Yu Yevon usa l'eone supremo a suo vantaggio per crearne uno nuovo durante il Bonacciale. Quando Yunalesca, la prima che sconfisse Sin, ormai uno spirito-mostro, dice a Yuna una volta finito il viaggio che dovrà sacrificare non solo la sua vita ma anche di una persona molto cara a sua scelta che faccia da intercessore, lei scelse suo marito, Braska (padre di Yuna) scelse Jecht (padre di Tidus) che si offrì volontario. Il gruppo di Tidus però non accetta questo sacrificio e insieme combattono Yunalesca dicendo che troveranno un modo per battere Sin, alla fine vi riescono e l'evocazione suprema non esiste più. Prima il gruppo combatterà Sin a parti, togliendogli prima le braccia e danneggiandogli la schiena, dopodiché vi è uno scontro frontale (5 turni per battere 140000 punti, un boss molto duro) con Sin, una volta sconfitto il gruppo entra nel corpo a cercare Yu Yevon. Dopo aver sconfitto Seymour per l'ultima volta incontrano Jecht, Tidus dirà finalmente a suo padre di odiarlo, non soprendendo minimamente il genitore che dirà che è inutile parlare, perché fra poco dovrà per forza trasformarsi ed affrontarli. Battuto anche lui (il boss più difficile di quelli ordinari nella storia) bisogna affrontare Yu Yevon dall'interno (boss molto facile nonostante sia l'ultimo, in quanto tutti i personaggi hanno Autofenice e Yu-Yevon usa l'energia degli eoni da Yuna evocati, quindi è facile batterlo). Prima dello scontro Tidus rivela ciò che ha scoperto nel suo viaggio, ovvero che sparirà una volta vinta la battaglia, poiché lui come gli altri abitanti di Zanarkand e Zanarkand stessa, non è altro che un sogno degli intercessori per tenere vivo il ricordo della grande città delle macchine, in realtà distrutta 1000 anni prima, Yu Yevon è la radice della ragione per cui gli intercessori continuano a sognare, una volta sconfitto lui essi potranno finalmente riposare e Tidus sparirà. Auron a sua volta non dovrebbe essere vivo, in quanto è solo un non-trapassato poiché venne ucciso da Yunalesca dopo aver tentanto di attaccarla perché aveva spinto Braska e Jecht a morire (procurandogli anche la cicatrice che possiede al volto), chiederà poi a Yuna di trapassarlo. Alla fine Yuna non accetta che Tidus debba andare e cerca di fermarlo, finendo però solo per attraversare letteralmente il suo corpo, lei confesserà di amarlo e Tidus l'abbraccerà alle spalle tornando tangibile per un po', i due non parlano e si godono l'ultimo istante assieme, prima che lui torni solo spirito per poi lanciarsi verso il mondo degli spiriti, battendo il cinque a suo padre.
